正确安装和配置openJDK和R.
我对Ubuntu比较陌生，所以我不会知道很多命令可能会成为很多人的标准。 我正在尝试设置R并使用它来安装必需的java依赖项，例如JGR，rjava等。我读了很多指令来做到这一点，但不知怎的，我必须做错了。 这是R和java的状态：
R --version R version 2.14.1 (2011-12-22) Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) java -version java version "1.6.0_23" OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.11pre) (6b23~pre11-0ubuntu1.11.10.1) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 20.0-b11, mixed mode) R CMD javareconf Java interpreter : /usr/bin/java Java version : 1.6.0_23 Java home path : /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre Java compiler : /usr/bin/javac Java headers gen.: /usr/bin/javah Java archive tool: /usr/bin/jar Java library path: /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/../lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib/jni:/lib:/usr/lib JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib/jni -L/lib -L/usr/lib -ljvm JNI cpp flags : 但是当我尝试在R中安装’JavaGD’时，这是JGR的依赖，我得到：
... checking Java support in R... present: interpreter : '/usr/bin/java' cpp flags : '' java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/../lib/amd64 -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib/jni -L/lib -L/usr/lib -ljvm' configure: error: One or more Java configuration variables are not set. Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run R CMD javareconf as root to add Java support to R. ...
任何帮助将不胜感激。 谢谢！
我不熟悉R，但基于你的控制台，当你有一个JRE作为默认的JAVA主变量时，R似乎需要一个JDK。 我建议你确保安装了JDK或安装它（ sudo apt-get install openjdk-6-jdk ）。
还要确保您的JAVA_HOME环境变量指向JDK而不指向JRE（您可以在输出中看到当前java主路径设置为/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre 。
一个人不应盲目安装openjdk-6-jdk 。 帮助我的是改变Java的版本。 幸运的是，有一个很好的Ubuntu工具：
sudo update-alternatives --config java
在那里你可以看到，Javas已经在系统中可用，并设置了所需的Javas。 然后安装openjdk-7-jdk或openjdk-6-jdk （或两者）
然后才跑
sudo R CMD javareconf
关于Java选择的更多细节在Ubuntu的社区Wiki上
PS对于来自谷歌的人来说：除其他事项外，这篇文章有助于解决R中rj instalation的问题，并显示错误消息： R is not configured with full Java support. Please make sure an JDK is installed and run R CMD javareconf R is not configured with full Java support. Please make sure an JDK is installed and run R CMD javareconf 。 当我这样做时，它说： NOTE: Your JVM has a bogus java.library.path system property! 。 所以： 不需要搞乱Java的库路径！ 。
R CMD javareconf作为root
意味着，您必须使用sudo来发出命令：
sudo R CMD javareconf
系统会要求您输入密码（您的普通用户密码）。
Yossiles的回答帮助了我，但这里是新手友好的版本，它也借鉴了这个问题的答案 。
对我有用的是： –
1）在你最喜欢的txteditor中打开/ etc / environment：
sudo gedit /etc/environment
2）添加一个带有“JAVA_HOME”的新行和修正jr-directory的路径，对于java 8，它是：
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre"
3）获取更新的环境并检查变量：
source /etc/environment echo $JAVA_HOME
4）像这样更新java-R配置：
sudo R CMD javareconf
5）安装RJava，XLConnect或您正在寻找的任何依赖于Java的R-package。
是的， update-alternatives是维护不同JVM版本的最方便的链接机制 – 甚至来自Oracle / OpenJDK等不同的提供商。 我愿意接受更正，但我会说需要一个JDK而不仅仅是一个用于R设置的JVM。
准备R JAVA配置的大纲是：
- 确保所需的JVM正确位于
/usr/lib/jvm - 使用
update-alternatives --install为R所需的每个JAVA命令设置链接 - 使用
update-alternatives --configure选择默认的JVM - 刷新R配置
要确保JDK已位于正确的位置，请使用该命令查询已安装的JVM列表
ls /usr/lib/jvm
如果该文件夹不包含JDK，则使用以下命令将整个JVM文件夹从提取的tar.gz （下载）重新定位到/usr/lib/jvm ：
sudo mv /usr/lib/jvm
对于以下JAVA命令，R需要用于update-alternatives的单独终端条目：
- 解释器：’/ usr / bin / java’
- archiver：’/ usr / bin / jar’
- 编译器：’/ usr / bin / javac’
- 标题准备：’/ usr / bin / javah’
jdk1.8.0_51的条目如下：
sudo update-alternatives --install "/usr/bin/java" "java" "/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_51/bin/java" 2 sudo update-alternatives --install "/usr/bin/jar" "jar" "/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_51/bin/jar" 2 sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javac" "javac" "/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_51/bin/javac" 2 sudo update-alternatives --install "/usr/bin/javah" "javah" "/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_51/bin/javah" 2
NB。 执行update-alternatives --install后的输出jdk1.8.0_51 update-alternatives --install应该类似于输出：
update-alternatives：使用/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_51/bin/java在自动模式下提供/ usr / bin / java（java）
选择所需的JVM作为默认值
sudo update-alternatives --config java
如果只设置了一个JVM，则终端中将显示以下输出
链接组java中只有一个替代方法（提供/ usr / bin / java）：/ usr / lib / jvm / jdk1.8.0_51 / bin / java无需配置。
或者，必须选择所需JVM的相关条目＃
检查是否链接了正确的JVM
java --version
最后，使用以下命令更新R设置：
sudo R CMD javareconf
请注意，如果您尝试了其他方法来“硬连线”配置JVM，则此设置似乎无法正常工作